Hunderup Kirkes bygningshistorie beskrives temmelig udførligt i Jacob Helms værk "Danske Tufstenskirker", skønt kun en meget lille ydre del af murværket består af tufsten, nemlig en lille del af korets og skibets nordmur. Det øvrige murværk består af kvader og munkesten. Tufstenen er i dag ikke synlig. Den sparsomme anvendelse af tuffen menes at tyde på, at kirkebyggeriet her er sket senere end i Vilslev. Enten har der ikke været mere byggemateriale at tage af, eller også har man opgivet tufstenen som byggemateriale, fordi den viste sig at passe dårligt til det nordiske klima. Taget fremtræder idag blytækket. Kirkebygningens langagtige karakter er ikke oprindelig. Hunderup kirke var ved opførelsen i 1100-tallet en ydmyg bygning uden tårn som de fleste landsbykirker dengang. Den menes at have stået færdig hen imod slutningen af det 12. århundrede.
Tårn og våbenhus, begge bygget i munkesten, er opført omkring 1450. Ved en ombygning godt hundrede år senere blev koret forlænget og korbuen fjernet, så kor og skib fremstod som ét langt rum. Dette skete antageligt alene for at give plads til det overdådigt fornemme gravmonument over Niels Lange og Abel Skeelsdatter, de daværende ejere af Kjærgård.
I de følgende århundrede er der foretaget tre vigtige restaureringer, den første omkring 1750, den næste omkring 1885 og den sidste omkring 1950. Den første iværksættes på grund af en sammensynkning af gulvet foran koret, hvorunder der viste sig en gravhvælving med indgang til et firkantet hvælvet gravkammer, beliggende under det nuværende knæfald. Sidstnævnte gravkammer er kirkens ældste; det undersøgtes nøje i forbindelse med restaureringen i 1885, hvor kirkens østligste gravkammer, med indgang i nærheden af prædikestolen, tilkastedes. Ved sidste restaurering lagdes nyt gulv, orgel og kirkebænke udskiftedes, alteret rykkedes frem og indgangsforholdene ændres.
Træloftet får rummet til at fremstå som et hele. Den tidligere adskillelse mellem skibet og det forlængede kor, markeres nu udelukkende ved en trinstigning hvor korbuen var. Sådan har det gamle kirkerum i årenes løb været genstand for en række forandringer, der afspejler historie såvel som holdningsændringer - både i henseende til gudstjenesteopfattelse som rumfunktion. I katolsk tid var møblementet sparsomt; antageligt bestående af alterbord og døbefont samt nogle få stole. Vinduerne var bevidst små, svarende til de bevarede nordvendte. Det var ikke kun for at spare på glas og holde kulden ude, men også for at give rummet karakter af drama og mystik. Messen blev læst på latin, man bad og sang og lod sine børn døbe i døbefontens iskolde vand. Udover den gamle granitdøbefont og den såkaldte mandsdør til våbenhuset, der begge menes at stamme fra kirkens opførelsestid, er der intet minde i kirken fra katolsk tid.
Reformationen satte prædikenen i centrum af gudstjenesten og bragte dagslyset ind i kirken, prædikestolen og hele det kirkelige møblement. Menigheden, der tidligere havde deltaget i messen stående og gående, fik nu mulighed for at gøre sig det bekvemt på kirkestolene - kvinder og børn på nordsiden, mænd på sydsiden. Men det var ikke folkets kirke, det var stormændenes, derfor de adelige begravelser, derfor den adelige udsmykning. Den 9. juni 1565 døde en af den nye tids rigeste mænd: Niels Lange til Kjærgård. Ved sin død ejede han vidtstrakte godsbesiddelser i Vestjylland. Hans enke Abel Skeel fandt det betimeligt at rejse et monument om ægteparrets magt og rigdom.
Så godt som alt inventar, lige fra indgangsdør til kirkekroner og alterkalk bærer adelige initialer. Alterbordspanelet er fra 1638 og bærer Peder Lange og hustru Lisbeth Friis` initialer og våbenmærker. Det samme gælder de store stager på alteret fra 1617. De hellige kar, kalk og disk, bærer Gersdorffernes våben og årstallet 1700, ligesom det midterste af skibets små rundbuede vinduer og den udskårne indgangsdør. Prædikestolen bærer Edel Margrethe Krags initialer og årstallet 1700. Om altertavlen fra 1684 fortælles, at den skulle erstatte den finere tidligere altertavle, som blev flyttet til Vilslev i pestårene, hvor Hunderup sogn næsten affolkedes. På korets nordmur findes et epitafium af over C.F.v. Gersdorff (1699 -1748) og hans hustru Margrethe v. Rosenørn,død 1786.
Tårnet er som tidligere nævnt opført omkring 1450. Årstallet 1766 på tårnets sydside henviser til en omfattende restaurering, iværksat af Margrethe v. Rosenørn efter hendes mands, C.F. v. Gerdorffs død i 1748. På tårnets nordside fører en overmåde stejl og trang muret spindeltrappe op til klokken, der er støbt i Hamborg og ophængt i 1599. Kirkens arkitektur, men også dens indgangsforhold og interiør har gennem århundrede været præget af monumenter over skiftende ejere af Kjærgård og deres adelige slægtninge. Først i midten af dette århundrede etableredes den nuværende indgang mod vest gennem tårnet.
Tårnrummet, hvor et hul i loftets hvælving fortæller om en tid, da der ringedes ved håndkraft, fungerede indtil da som gravkammer for generalløjtnant Fr. v. Gersdorff til Kjærgård og Bramstrup og hans familie. Tårnrummet husede fire kister, der ved restaureringen nedsattes i det nordvestlige hjørne af kirkegården. De smukt udskårne dobbeltdøre, med Fr. v. Gersdorffs og Edel Margrethe Krags initialer, der tidligere indrammede adgangen til gravkapellet i tårnet, restaureredes sådan, at de kunne tjene som adskillelse mellem tårnrum og kirkerum. Som et velbevaret minde fra en tid uden dikkedarer, næsten side om side med den Gersdorffske pragtdør, sidder endnu den oprindelige indgangsdør, mandsdøren, mellem kirkerummet og våbenhuset (dåbsværelset), en revledør med gedigent jernbeslag og lås.
Klenodiet i Hunderup kirke er så ubetinget det fornemme såkaldte kenotafi fra 1569 over rigsråd Niels Lange, død 1565, og hans hustru Abel Skeelsdatter, død 1585. Den berømte nederlandske billedhugger Cornelis Floris, der har leveret Chr. III´s sarkofag til Roskilde domkirke, og ligeledes monumentet over Herluf Trolle og Birgitte Gøye til kirken i Herlufholm, er af Nationalmuseet godkendt som værende kunstneren bag det. Monumentet er hugget i marmor og alabast. Det barnløse ægtepar hviler på puder med en lille hund ved fødderne. På gravmindets langsider ses evangelistsymboler og de to familiers adelige våbener. Monumentet var oprindelig placeret foran alteret, lige over gravkammeret, hvor ægteparrets kister var nedsat. Denne placering har uden tvivl været til stor gene både for præst og menighed. Igennem tre århundrede har præsten måttet sige indstiftelsesordene delvis gemt bag det dominerende gravminde, og tilsvarende har altergæsterne måttet bane sig vej til alteret udenom det. I 1822 ændredes dette forhold dramatisk. Den daværende kirkeejer, stiftprovst D.C. Kofoed lod sig vist nok besnakke ved et møde i kirken med den dengang nylig indsatte præst i Hunderup, pastor Hjerrild og en lokal håndværker. Tre dage efter, da menigheden mødte til gudstjeneste pinsemorgen, var monumentet fjernet.
Desværre havde hverken initiativtagere eller gerningsmænd sans for at det var et kunstværk, de handlede med. Monumentet var skandaløst sønderslået, angiveligt for at kunne bæres ned af trappen til kirkens østligste gravkammer, til opbevaring. Begivenheden bragte sindene i kog; sagen gik til doms og stiftsprovsten blev pålagt at finansiere monumentets rekonstruktion, samt drage omsorg for indmuringen af de hvilende skikkelser i oprejst stilling i korets nordre mur, tæt ved døbefonten. Ved restaureringen af kirken i 1950 blev figurerne nedtaget og monumentet rekonstrueret under ledelse af Nationalmuseet. Alteret flyttedes frem til den nuværende placering, og monumentet anbragtes hvor det nu sin har plads, bag alteret.
Det med skravering viste murværk på grundplanen af kirken er tilbygget, tårn og våbenhus i 1400-tallet, østlige ende af koret i 1500-tallet.
Gravkammer A afsløredes i 1749 ved en sammenstyrtning af gulvet lige foran koret, hvor en ligsten angav, at her lå Niels Hansen, død 1630, og hans hustru, Mulvadgård begravede.
Gravkammer B opdagedes ved et tilfælde under arbejdet med gulvrestaureringen over gravkammer A. Knud Lang (præst i Vilslev - Hunderup 1744-1781) beretter i sin sognebeskrivelse fra 1766, at der i dette firkantede, hvælvede gravkammer, lige under den oprindelige placering af Lange-monumentet, forefandtes to stærkt medtagne kister og to aflange, forgyldte messingplader med indskrifter svarende til Lange - monumentets. Gravkammeret må have tiltalt Margrethe v. Rosenørn, for da man i 1885 genopdagede den, fandt man i stedet hendes og ægtefælden C. F. Gersdorffs kister, mens en indskrift på en blytavle angav, at Niels Lange og Abel Skeelsdatter var blevet lagt under gravhvælvingens gulv. Desuden forefandtes de af Knud Lang omtalte indskriftstavler. Disse er nu ophængt i koret, ridderens på mandesiden, fruens på kvindesiden.
Gravkammer C, hvortil der har været en nedgang, der tilkastedes 1885, undersøgtes i 1854 af Jacob Helms. Gravkammeret indeholdt dengang tre forfaldne kister uden bevaret angivelse af hvis ben de indeholdt. En efterforskning af sagen konkluderede, at de begravede måtte være fru Helvig Eleonora Juel, friherrerinde til Juellinge, gift med baron Friderich Krag til Kjærgård og død 1685 i Haag, hvor Krag dengang var gesandt, og en balsameret tysk adelsmand, som havde været forlovet med fru Edel Margrethe Krag, men som var faldet i et slag i Tyskland. Den tredje person fandt Helms intet vidnesbyrd om. Ifølge Knud Langs optegnelser har kisten imidlertid indeholdt en 18-årig frue, Anna Margrethe Leth, født Gersdorff, datter af herren til Vosnæs og en søster til Margrethe v. Rosenørn. Den unge frue kom som barn til Kjærgård for at opdrages hos sin moster, hvor hun døde af "børnekopper" i 1766. Hendes kiste sattes i gravkammer C, hvor C. F. Gersdorffs kiste stod, inden den - antageligt samtidig - efter Margrethe v. Rosenørns ønske flyttedes til gravkammer B, hvor hun selv kom til at hvile ved sin død i 1786. Gravkammer C tjente som opbevarings-kælder for de vigtigste dele af Lange-monumentet, da det ødelagdes i 1822. Ved tilkastningen af Gravkammeret i 1885 blev de derværende kister løftet op og anbragt på kirkegården.
Tårnrummet har som nævnt i det forgående tjent som gravkammer indtil 1946, hvor kirken gennemgik en hovedrestaurering. Her lå de jordiske rester af gehejmeråd og generalløjtnant Frederik v. Gersdorff til Kjærgård og Bramstrup, f. 1651, d. 1724, hans to hustruer, fru Ida Sofie Juel, f. 1663, d. 1685 og fru Edel Margethe Kragh, f. 1663, d. 1739, samt et spædbarn af sidste ægteskab, Eric, født og død i 1691.